Колекція козацьких пам’яток почала формуватися з 1870-1880-х рр. Запорізькі козацькі старожитності існували вже у приватному музеї О.М.Поля. Будучи по материнській лінії нащадком гетьмана П.Полуботка, О.М.Поль особливу увагу приділяв збиранню козацьких реліквій, пам’яток козацької історії. Козацька зброя, одяг, спорядження, клейноди, люльки, різноманітний посуд посідали в його музеї одне з провідних місць.
Різноманітну і цікаву колекцію козацьких старожитностей зібрав і передав до музею Д.І.Яворницький. Протягом 1870-1900 рр. він, подорожуючи колишніми козацькими місцями, збирав козацькі реліквії, документи, записував народні думи, пісні, перекази про запорожців – славних козацьких лицарів. Проводячи розкопки, фіксуючи всі козацькі пам’ятки, звертаючи увагу на їх стан збереження, Д.І.Яворницький часто робив копії, зокрема портретів видатних козаків, замальовки та креслення козацьких зимівників, осель, церков, могил; організовував фотографування пам’ятних місць, пов’язаних з козацтвом, тощо. Завдяки його копіткій праці, в музеї сформувалася цікава і цінна колекція козацьких старожитностей, яка була гордістю його директора.
Один з залів музею за часів Д.І.Яворницького був присвячений історії запорізького козацтва. Тут, як описував В.Данилов, стояли “грізні гармати”, висіли портрети діячів української історії і картини про козака Мамая, який “коли не п’є, так воші б’є, а все ж не гуляє». В одній з вітрин, – продовжує В.Данилов -, можна було побачити «михайлики» – дерев’яний запорозький посуд, з якого козаки пили горілку. Окрема вітрина була відведена козацьким люлькам. Тут були маленькі люльки з білої, сірої, жовтої глини; люлька у вигляді голови козака, велика люлька довжиною два аршини, велика турецька люлька, оправлена міддю.
Поруч були представлені дзеркала, знамениті шаровари, «шириною з Чорне море», на які витрачалося 12 аршин тканини; синій жупан з срібними галунами, декілька поясів, в тому числі «слуцькі»; шаблі, пистолі, рушниці, натруски, сволоки, кахлі, тростина кошового отамана Пилипа Лантуха, вишукано прикрашена золотом, діамантами, сапфірами, рубінами.
Не випадково, серед української інтелігенції побутувало уявлення, що музей у Катеринославі був саме “козацьким”. Як писав Володимир Гіляровський, в музеї “як живі вставали запорожці”.
Багато козацьких речей було втрачено в роки німецько-фашистської окупації, частина реліквій розподілена по музеях України в 1950-1960-х рр. за наказом Міністерства культури. Зокрема, картини «Козак Мамай» з колекції Дніпропетровського історичного музею зберігаються в музеях Харкова, Кіровограду, Мелітополя, Нікополя, Запоріжжя, Херсону, Переяслава-Хмельницького, Львова. Проте, не дивлячись на всі втрати, колекція козацьких старожитностей залишається однією з найзмістовніших і цінніших у музейному зібранні.
