З 1990 р. в у Дніпропетровському історичному музеї один раз на два роки проводяться наукові конференції з проблем музеєзнавства, краєзнавства, на які запрошуються наукові співробітники всіх музеїв області, а також науковці, краєзнавці, викладачі вузів Дніпропетровщини та України, чиї дослідження відповідають музейній проблематиці. Участь в конференціях співробітників ДІМ є обов’язковою.
Протягом 18 років га базі Дніпропетровського історичного музею було проведено 10 наукових конференцій обласного, регіонального, всеукраїнського та міжнародного рівней за такими темами:
- “Вчений-подвижник” (1991);
- “З минулого Придніпров’я” (1995);
- “Скарби рідного краю” (1993);
- “Музей і майбутнє” (1998);
- “Регіональне і загальне в історії” (до 140-річчя з дня народження Д.І.Яворницького и 100-річчя ХІІІ археологічного з’їзду);
- “Музей на межі тисячоліть” (до 150-річчя заснування Дніпропетровського історичного музею);
- “Музей і місто” (к 225-річчя заснування Дніпропетровська);
- “Скарби музеїв”;
- “До 150-річчя з дня народження Д.І.Яворницького”;
- “Видатні фігури регіону: музейна персоналістика” (до 75-річчя Дніпропетровської області).
Матеріали конференцій були видані у вигляді наукових збірників.
Крім того, в музеї відбуваються щорічні краєзнавчі конференції, наукові читання, круглі столи з проблем Голодомору 1930-х рр., організовані спільно із Дніпропетровським національним університетом та Обласним центром охорони історико-культурної спадщини та ін. установами.
