В лютому 1849 р. в Катеринославі за ініціативою директора місцевої гімназії Я.Д. Грахова, А.Я. Фабра був створений, так званий, „Общественный музеум Екатеринославской губернии” – перший в краї музей, що розташовувався в Потьомкінському палаці, що належав Дворянському губернському зібранню. В цей час, як свідчили очевидці, Катеринослав (нинішній Дніпропетровськ) був досить оригінальним містечком на високому правому березі Дніпра, з прямими широкими вулицями, прекрасним гостроверхим собором і пам’ятником Катерині II біля нього, кам’яними і дерев’яними будовами при підтримці губернатора.
Проте, життя його громадян було вельми одноманітним, як в справжній російській провінції. Тому невипадково так був здивований етнограф і археолог А.Терещенко, що подорожував Новоросією у 1852 р., знайшовши в Катеринославі музей, що уразив його зібранням рідкісних стародавніх предметів. Під час Кримської війни, коли в Потьомкінському палаці розмістили шпиталь для поранених, музей знаходився в приміщенні Катеринославської класичної чоловічої гімназії (нині корпус Медакадемії на Жовтневій площі), яка і стала його постійним будинком на довгі роки до початку XX століття.
В музеї поряд з археологічними знахідками, старовинами місцевого краю, кам’яними статуями, експонувалися реліквії Давнього Єгипту і античної Греції, російські і іноземні монети, зразки різних гірських порід, палеонтологічні останки. Його визначною пам’яткою вважалася мумія єгипетської жінки з дитиною, яка, за легендою, була привезена губернатором А.Я. Фабром з Єгипту (цей експонат і сьогодні зберігається в музеї). Кращими часом для „Общественного музеума” було перше його десятиріччя, коли, зосереджені на новій ідеї, жителі міста, любителі історії і старовини, приносили в музей предмети, жертвували гроші на устаткування вітрин і інші придбання. Проте в подальші роки (1860-1900-і рр.), не маючи фінансової підтримки від властей, музей потрапив у жалюгідне становище, швидше нагадуючи кабінет учбового закладу. В цей же час в Катеринославі і губернії у деяких жителів з дворян, купецтва, інтелігентського середовища (вчителів, лікарів), в кабінетах земських установ, в учбових закладах склалися цікаві і різноманітні колекції історичних і природних старожитностей і антикваріату, нумізматики, живопису.
Одним з найбільших і відомих зібрань була колекція Почесного громадянина Катеринослава О.М. Поля, що налічувала більше 4770 предметів. У 1887 р. Поль відкрив в місті перший приватний музей, що розташовувався в 4-х кімнатах його власного будинку на Соборній площі (нині Жовтнева). В полівському музеї, що мав навіть спеціального зберігача-екскурсовода, було 7 відділів. Значна частина матеріалів була археологічними знахідками, знайденими Полем в курганах і інших похованнях на території Катеринославської губернії, зокрема на Криворіжжі. Вражали сучасників реліквії запорізького козацтва, до яких у Поля було особливе відношення, оскільки по материнській лінії він був нащадком гетьмана Полуботка. Були в музеї і єгипетські старожитності, і культові предмети, і монети всіх країн світу різних часів, і живопис, – тобто це була своєрідна “кунсткамера” в мініатюрі. Після смерті Поля у 1890 р. громадськість міста виступила з ініціативою про створення губернського музею його імені – своєрідний пам’ятник Полю. Питання це було особливо актуальним, оскільки родичі Поля, не маючи коштів для утримання унікальної колекції, почали її розпродавати. Вартість полівского зібрання ще за життя власника оцінювалося в 200 тис. крб. сріблом.
Майже десятиріччя знадобилося ініціаторам, щоб переконати місцеві власті, дворянське товариство в необхідності створення музею, захопити наукові і учбові кола, громадськість цією благородною справою. Нарешті, 6 травня 1902 р. в будівлі Комерційного училища (нині будівля Облради) був урочисто відкритий Обласний музей ім. О.М. Поля. Поступово в нього влилися зібрання першого „общественного музея”, що зберігалося в класичній гімназії, приватного музею О.Поля, колекції Д. Яворницького (директор музею у 1902-1933 рр.), Е. Мельник-Антоновича, В. Антоновича, С. Бродницкого, І. Акінфієва, С. Сучкова, А. Синявського, Алексєєва Г.П., Гана П.О., Левенсона В.Я., Проніна П.П. та ін.
Спеціально для музею під наглядом архітекторів Г.К. Сандецького і Г.І. Панафутіна в 1905 р. було побудовано приміщення за зразком будинку Гофмана в Берліні. За перше десятиріччя з невеликої колекції в 300 предметів музей виріс до майже 10-тисячного зібрання археологічних знахідок різних періодів і культур, запорізьких козацьких реліквій, церковних старожитностей, етнографічних, нумізматичних, живописних предметів, виробів народно-прикладного мистецтва, книг і документів, фотоматеріалів, – які були розподілені на 9 розділів.
Саме в цей період Обласний музей ім. О.М. Поля, очолюваний Д.І. Яворницьким, перетворився на яскраву перлину, справжню скарбницю історичних і природних багатcтв – пам’ятників місцевого краю і світової культури. Як писав В. Гіляровский: “Музей – Україні всій краса…” Д.І. Яворницьким в 1905 і 1910 роках було випущено два каталоги музейних колекцій і декілька звітів про діяльність музею.
У 1917-1923 рр., перейменований в перший Народний музей Катеринославщини, музей поповнювався приватними колекціями, предметами з дворянських будинків, земських установ, а директор прикладав максимум зусиль, щоб зберегти музейну колекцію і будівлі від руйнування і грабунку. Значно збагатився музей у 1927-1932 рр. (в ці роки він називався Дніпропетровський краєвий історико-археологічний музей), коли Д. Яворницький очолив Дніпробудівську археологічну експедицію. 40 тисяч одиниць археологічних предметів, знайдених на величезній території, де повинен був знаходитися Дніпрогес і плескатися води штучного моря, поступили в музей. Проте науково обробити і узяти їх на облік до початку Великої Вітчизняної війни не вдалося, що багато в чому було пов’язано із звільненням в 1933 р. Д. Яворницького і інших фахівців-археологів, істориків з музею за звинуваченням в “контрреволюції” і “буржуазному українському націоналізмі”. Тільки у 1940 р., після смерті Д.І. Яворницького, його ім’я повернено музею і він став називатися Дніпропетровський історичний музей імені Д.І. Яворницького.
Великі втрати поніс музей під час німецько-фашистської окупації. В будівлі музею розмістився штадткомісар міста Клостерман, а експонати під дощем, в негоду, були перевезені до напівзруйнованого приміщення Художнього музею (по вул. Шевченко,21). Евакуйовані на схід музейні предмети майже всі втрачено, ті, що залишилися в місті вивезені німцями. Тільки невелика частина матеріалів була врятована технічними працівниками музею М.Я. Білим і П.К. Дузь.
Справжнє відродження музей пережив у 1970-1980-і роки: в 1975 – відкрита діорама “Битва за Дніпро”, в травні 1977 – нова експозиція по історії краю з найдавніших часів до сучасності, а в грудні 1977 – експозиція музею історії релігії і атеїзму (в Преображенському Соборі), в 1982 – заснований літературний відділ і в 1988 – в Будинку Інзова (пр.К.Маркса, 64) почалися роботи зі створення музею “Літературне Придніпров’я”, в листопаді 1988 – відкритий для відвідувачів Меморіальний будинок-музей академіка Д.І. Яворницького. В 1979 р. творча група в складі: директора музею Г.Ф. Ватченко, архітектора В.А. Зуєва, художників московської студії батального живопису ім. М. Грекова Н. Бута і Н. Овєчкіна, старшого наукового співробітника музею В.С. Прокудо, художників-оформлювачів з Санкт-Петербурзького комбінату живописно-оформлювального мистецтва В.Л. Рівіна і В.І. Короткова, за створення комплексу діорами “Битва за Дніпро” і залів історичного музею, була удостоєна Державної премії УРСР ім. Т.Г. Шевченко. В 1990-і роки музей удосконалював свою експозицію, істотно доповнивши і змінивши її відповідно до нової концепції історії України і краю, знайденими історичними джерелами всіх типів.
В фондах музею зберігаються 240 тисяч музейних предметів. Серед них археологічні пам’ятники, реліквії запорізького козацтва, стародруки ХVI-ХVП ст., раритетні видання ХVІІІ – п. ХХ ст., культова колекція, порцеляна, годинники, меблі, зброя і багато інших пам’ятників історії і культури. Протягом всієї своєї 150-річної історії музей був і залишається єдиним у своєму роді в Дніпропетровській області центром збереження, вивчення і популяризації пам’ятників національного і світового значення, центром виховання історичної свідомості, національної гідності, відчуття дбайливого відношення до своєї історії, загальнолюдських цінностей.
Всебічне вивчення зібрання музею, широко розгорнена реставрація музейних предметів дозволили музейним співробітникам створити цілий ряд колекційних виставок з циклу “Скарбниця Д.І. Яворницького”. Годинники, порцеляна, книги, кераміка, ікони, живопис, одяг, вироби з каменю, культові речі, пам’ятники східних культур, археологічні і геральдичні матеріали, – ось неповний перелік колекцій, представлених музеєм останніми роками на суд місцевої громадськості. В травні 1998 р. відкрита перша черга музею “Літературне Придніпров’я. Вибране”
Музей щорічно відвідує більше 300 тисячі відвідувачів, для яких проводяться 10000 екскурсій, функціонують майже 60 виставок. На базі музейного зібрання проводяться: музейні вітальні; презентації книг, окремих експонатів, персональних виставок; заняття за програмою “Музей і діти”; свято просто неба “Чисті джерела”; працюють студія “Жива глина”, археологічний гурток “Борисфен”, студії літературознавства і клуби, фундація Е. Блаватської і тому подібне.
Дніпропетровський історичний музей постійно ділиться своїм досвідом з музеями України. Підтвердженням тому є Всеукраїнські музейні фестивалі, що проводяться раз на три роки на базі ДІМу. Перший з них відбувся в жовтні 2005 р., другий – у вересні 2008 р., третій – у вересені 2011 р. та четвертий – у вересні 2015 року. На вересень 2018 року запланований ювілейний п’ятий фестиваль.
Указом Президента України за №165/2010 від 15 лютого 2010 року історичному музею був присвоєний статус “Національного”.
Сьогодні Дніпропетровський історичний музей ім Д.І. Яворницького це музейний комплекс, що складається з:
- Експозиції історичного музею з історії краю з найдавніших часів до сучасності (пр. Д. Яворницького, 16);
- Діорами “Битва за Дніпро” (пр. Д. Яворницького, 16);
- Меморіального будинку-музею академіка Д.І. Яворницького (пл. Шевченко, 5);
- Музею “Літературне Придніпров’я” (пр. Д. Яворницького, 64).
- Музейного центру Олени Петрівни Блаватської та її родини (вул. Князя Ярослава Мудрого, 11)
- Музею історії та розвитку місцевого самоврядування Дніпропетровської області (пр. О.М. Поля, 2)
- Музею сучасної російсько-української війни (пр. Д. Яворницького, 16).