Створений згідно постанові Ради Міністрів УРСР від 18 вересня 1965 року Державний історико-культурний заповідник на о. Хортиці був частиною Державної програми увічнення козацької слави. Як відомо, проект майбутнього меморіального комплексу передбачав спорудження музею історії запорозького козацтва та створення історико-етнографічного комплексу «Запорозька Січ». В директивних документах та листах мешканців м. Запоріжжя йшлося також про збереження природи, пам’яток історії та культури на самому острові Хортиця. Все це допомагало музейним працівникам визначитись з напрямками комплектування фондів заповідника, залучивши до цієї роботи місцевих краєзнавців та колекціонерів, налагоджуючи контакти з провідними музеями і архівами Радянського Союзу, в яких зберігаються пам’ятки доби козацтва, організуючи етнографічні експедиції, проводячи власні археологічні, гідро-археологічні дослідження та вивчаючи природу о. Хортиці.
Згідно наказу міністра культури України № 101 від 27.06.74 було зроблено корегування ідейно-тематичного спрямування експозиції майбутнього музею, в якій тепер повинні були бути висвітлені також події, пов’язані з історією міста Запоріжжя. Це призвело до того, що збудований музей відкрився 14.10.83 як музей історії міста Запоріжжя, в якому експозиція, присвячена історії запорозького козацтва, займала приблизно четверту частину від загальної площі. Таке перепрофілювання музею відтягнуло значні кошти і час на збирання предметів, що відтворюють історію 20-го століття. На сьогодні музейні предмети новітньої історії складають більше двох третин від загальної кількості фондів і займають чимало місця у фондосховищах. Особливо це стосується груп: зберігання «Папір» та «Фотодокументи».
З 1992 року нашому музею повернуто назву музею історії запорозького козацтва. Тому однією з головних проблем заповідника є повернення непрофільних предметів власникам або передача їх в інші державні музеї. Так певна кількість речей, в тому числі і нагород, була повернута у 1993–1997 рр. Героям Радянського Союзу тощо. У 1995 р. в зв’язку зі святкуванням 50-річчя Перемоги предмети, пов’язані з військовою тематикою, були передані Оріхінському та Приморському краєзнавчим музеям Запорізької області.
На жаль, невдалою виявилась наша спроба передати аналогічні предмети зновствореному у Києві музею прикордонних військ України, оскільки він підпорядкований Міністерству оборони України.
Останні роки пов’язані для всіх нас зі скрутним фінансовим становищем. Так, заповідник, який у 1992 році міг дозволити собі закупку 42-х ікон і етнографічну експедицію на Рівенщину, у 1995 році спромігся лише на експедицію по декількох районах Запорізької та Дніпропетровської областей.
Від цього часу кошти, що їх заробляє музей на спецрахунок, витрачаються переважно на забезпечення збереженості предметів (реставрацію, дезинфекцію) та на придбання відповідного спорядження для проведення гідроархеологічних робіт.
На сьогодні, практично, залишаються два джерела комплектування фондів. Це поодинокі подарунки від мешканців м. Запоріжжя та області, але перш за все, це плідна робота відділу охорони пам’яток історії і археології заповідника, співробітники якого проводять щорічні дослідження острова Хортиці та гідроархеологічні дослідження Дніпра навколо Хортиці. Гідроархеологічні знахідки останніх років (фрагменти суден, кріпильне обладнання, зброя тощо) дають можливість в перспективі створити на Хортиці музей судноплавства.
Ще одна проблема, з якою стикається заповідник. Це невирішеність питання зі строками початку будівництва історико-етнографічного комплексу «Запорозька Січ» та проведення реекспозиції музею. Знов постає проблема коштів, без яких неможливо вирішити питання закупівлі експонатів, замовлення численних новоробів тощо.
Разом з усією державою Національний заповідник «Хортиця» поступово входить в ринкові відносини, робить в цьому напрямку перші конкретні кроки, кроки, спрямовані на пошук власних джерел фінансування. В тому вбачається нам надія на вирішення проблем сьогодення.
О.Є. Борисенко, головний хранитель фондів Національного заповідника «Хортиця»
Джерело: Музей на межі тисячоліть: минуле, сьогодення, перспективи. (Збірник тез доп. та повід. міжнародної наук. конференції, присвяченої 150-літтю від дня заснування Дніпропетровського історичного музею ім. Д.І. Яворницького). – Дніпропетровськ, 1999. – 177 с.